Wzorce ekspresji genów w opornych na leki komórkach ostrej białaczki limfoblastycznej i odpowiedź na leczenie ad 5

Test sumy rang Wilcoxona i test t zostały użyte do identyfikacji genów, które ulegały zróżnicowanej ekspresji we wrażliwym i opornym ALL (p <0,001). Każda kolumna reprezentuje próbkę ALL oznaczoną według tego, czy była ona wrażliwa (zielona), czy odporna (czerwona) na dany lek, a każdy rząd reprezentuje zestaw sond. Mapy ciepła po lewej stronie rysunku wskazują wysoki (czerwony) lub niski (zielony) poziom ekspresji w stosunku do liczby standardowych odchyleń od średniej. W przypadku prednizolonu stwierdzono, że 42 zestawy sond rozróżniają oporne komórki białaczkowe od wrażliwych komórek białaczki (33 geny i 3 komplementarne klony DNA [cDNA]); dla winkrystyny zidentyfikowano 59 takich zestawów sond (40 genów i 14 klonów cDNA); dla asparaginaz zidentyfikowano 54 takie zestawy sond (35 genów i 10 klonów cDNA); a dla daunorubicyny zidentyfikowano 22 takie zestawy sond (20 genów i 2 klony cDNA). Trójwymiarowe wykresy po prawej stronie pokazują trzy główne składniki oparte na istotnych genach odróżniających dla każdego leku. Każde koło reprezentuje pacjenta z białaczką; czerwone kółka oznaczają te z lekoopornym ALL, a zielone kółka te z ALL wrażliwym na lek. Nadzorowane metody (tj. Test sumy rang Wilcoxona lub test t) zastosowano do identyfikacji genów związanych z opornością lub wrażliwością na każdy lek (Figura 2). Test sumy rang Wilcoxona i test t przyniosły podobne wyniki. Wyniki analizy permutacji zestawów sond genowych związanych z opornością na prednizolon, winkrystynę i asparaginazę były znamienne ogółem (wszystkie P <0,05) (tabela 3 w dodatkowym dodatku) w całej populacji iw grupie linii B, mając na uwadze, że te analizy zestawów sond genowych związanych z opornością na daunorubicynę były znaczące w grupie B linii odniesienia, ale nie na poziomie P <0,05 w grupie jako całości. Fałszywy wskaźnik odkryć był wyższy dla daunorubicyny niż dla pozostałych trzech leków. W przypadku wszystkich leków częstość fałszywych odkryć była niższa w grupie B linii ALL niż w całej grupie i najwyższa w przypadku daunorubicyny (tabela 3 w dodatku uzupełniającym). Zastosowanie 30, 50 i 100 genów dyskryminacyjnych dla każdego leku dawało predykcyjną dokładność 67 do 73 procent. W przypadku linii B ALL oszacowane dokładności predykcyjne były wyższe i wynosiły od 71 do 76 procent (tabela 5 w dodatkowym dodatku).
Nadzorowane tworzenie klastrów i analiza głównych składowych
Liczba genów użytych do budowy modeli oporności na lek dla każdego środka przeciwbiałaczkowego została oparta na fałszywym współczynniku wykrywalności i dokładności predykcyjnej (tabele 3, 4 i 5 w dodatkowym dodatku). To oznaczenie dało 172 zestawy sond odpowiadające 124 unikalnym genom i 28 komplementarnym klonom DNA (niektóre geny są reprezentowane w macierzy przez wiele zestawów sond), które ulegały zróżnicowanej ekspresji we wrażliwej i opornej linii B ALL. Obejmuje to 42 zestawy sond genowych dla prednizolonu, 59 dla winkrystyny, 54 dla asparaginazy i 22 dla daunorubicyny. Hierarchiczne grupowanie przy użyciu tych zestawów sond prawidłowo przypisuje status wrażliwości na lek (wrażliwy lub oporny) 66 z 74 przypadków w odniesieniu do prednizolonu, 84 z 104 w odniesieniu do winkrystyny, 83 z 106 w odniesieniu do asparaginazy i 86 105 w odniesieniu do daunorubicyny (ryc. 2) (tabela 4 w dodatkowym dodatku)
[więcej w: hurtownia portfeli, dienogest, dekstrometorfan ]
[podobne: teczowa kraina, oksyhemoglobina, solanka zabłocka ]