Wzorce ekspresji genów w opornych na leki komórkach ostrej białaczki limfoblastycznej i odpowiedź na leczenie ad 7

Ryc. 4. Funkcjonalna klasyfikacja genów ontologii genu (GO), która odróżniała wrażliwy na leki i lekooporny B-Lineage ALL. Funkcjonalna klasyfikacja GO genów zidentyfikowanych przez zestawy sond jako rozróżniające komórki ALL linii B, które są oporne na każdy ze środków przeciwbiałaczkowych, w porównaniu z całym genomem reprezentowanym przez wszystkie zestawy sond na U133A GeneChip (22 283 zestawy sond, 12 993 z adnotacją GO). W przypadku prednizolonu stwierdzono, że 42 zestawy sond rozróżniają oporne i wrażliwe komórki ALL; w przypadku winkrystyny zidentyfikowano 59 takich zestawów sond; dla asparaginaz zidentyfikowano 54 takie zestawy sond; a dla daunorubicyny zidentyfikowano 22 takie zestawy sond. W bazie danych GO odnotowano 25, 35, 39 i 16 zestawów sond, odpowiednio dla prednizolonu, winkrystyny, asparaginazy i daunorubicyny. Kategorie funkcjonalne, które są proporcjonalnie nadreprezentowane w zestawach sond, w porównaniu z całym genomem, są oznaczone gwiazdką (P <0,05 według dokładnego testu Fishera). Geny, które można wykorzystać do identyfikacji linii B ALL, która była oporna na każdy czynnik anty-wirusowy, pogrupowano w kategorie funkcjonalne według bazy danych Gene Ontology (Figura 4). W porównaniu z całą macierzą, 42 zestawy sond genowych związanych z wrażliwością na prednizolon miały wyższy procent genów zaangażowanych w metabolizm węglowodanów (25 procent vs. 11 procent, P = 0,039). W porównaniu z całą tablicą zestawy genów-sondy odnoszące się do wrażliwości na winkrystynę miały wyższy procent genów zaangażowanych w metabolizm kwasów nukleinowych (39 procent vs. 23 procent, P = 0,021), a zestawy genów sondy związane z wrażliwością na asparaginazę miał wyższy procent genów metabolizmu białka (53 procent vs. 20 procent, P <0,001).
Geny wcześniej wiązały się z opornością na leki lub rokowaniem we WSZYSTKIM
Spośród 124 genów o różnej ekspresji, zgodnie z naszą wiedzą, 121 nie było wcześniej powiązanych z opornością na cztery badane czynniki. Tylko trzy geny, dla których wyniki były istotne w naszych analizach (RPL6, ARHA i SLC2A14) były wcześniej związane z opornością na doksorubicynę (RPL6 31 i ARHA 32) lub winkrystynę (SLC2A14 33). Inne geny uprzednio związane z lekoopornością lub rokowaniem nie były związane z wystarczającą istotnością statystyczną (tj. P <0,001) dla włączenia do naszych modeli (Tabele 4 i 7 w Dodatku Uzupełniającym).
Dyskusja
Zidentyfikowaliśmy geny, które ulegają zróżnicowanej ekspresji w komórkach ALL z opornością na cztery leki przeciwbiałaczkowe i wykazały, że wzór ekspresji tych genów jest związany z wynikiem leczenia. Ekspresja 172 zestawów sond genowych (reprezentujących 124 unikalne znane geny i 28 komplementarnych klonów DNA) w pierwotnych komórkach białaczkowych linii B była związana z opornością na prednizolon (42 zestawy sond), winkrystynę (59 zestawów sond), asparaginazę (54 sonda). zestawy) i daunorubicyny (22 zestawy sond). Spośród tych 124 genów, zgodnie z naszą wiedzą, 121 nie było wcześniej związanych z odpornością na cztery czynniki. Dwanaście innych genów, które wcześniej wiązały się z lekoopornością lub rokowaniem w ALL, ulegały zróżnicowanej ekspresji we wrażliwym i odpornym ALL, ale nie na poziomie wymaganym do włączenia do naszych modeli (P <0,001) [podobne: hurtownia portfeli, anakinra, Enterolalemtuzumab ] [więcej w: flucofast opinie, goodlookin allegro, hydrocortisonum cena ]