Wzorce ekspresji genów w opornych na leki komórkach ostrej białaczki limfoblastycznej i odpowiedź na leczenie cd

Tablice pominięto, jeśli współczynnik skalowania przekroczył 3 SD średniej lub jeśli stosunek 3 do 5 informacyjnego RNA dla dehydrogenazy .-aktyny lub dehydrogenazy gliceraldehyd-3 był większy niż 3. Z łącznej liczby 22 283 zestawów sond, te wyrażone w mniej niż pięciu pacjentach zostały pominięte, pozostawiając 14.550 zestawów sond do kolejnych analiz. Dla każdego czynnika antybakteryjnego zidentyfikowaliśmy geny najbardziej dyskryminujące pod względem odporności i czułości, stosując test sumy rang Wilcoxona i test t dla każdego zestawu sond i oszacowano współczynnik fałszywego wykrywania przy użyciu wartości q zgodnie z Storey i Tibshirani. wybraną wartość P (alfa) dla ocenianych genów dyskryminujących (np. P <0,001), ogólne znaczenie szacowanego odsetka fałszywych odkryć obliczono jako prawdopodobieństwo zaobserwowania równych lub niższych wyników fałszywych odkryć na podstawie 1000 losowych permutacji.
Aby ocenić dokładność predykcyjną przy użyciu 30 najlepszych, 50 i 100 dyskryminujących genów pod względem wrażliwości na leki w porównaniu z lekoopornością, dla każdego leku losowo podzieliliśmy pacjentów z wrażliwymi na leki białaczkowymi komórkami oraz pacjentów z lekoopornymi białaczkowymi dwie grupy, wykorzystujące dwie trzecie do zbudowania modelu i jedną trzecią do oceny dokładności modelu. Ten proces powtórzono 1000 razy; w każdym przypadku ponownie wybieramy stałą liczbę zestawów sond, aby zbudować model predykcyjny z wykorzystaniem maszyn wektorów nośnych. Predykcyjne dokładności różnych profili ekspresji genów w odniesieniu do czułości każdego czynnika przeciwbiałaczkowego i ich przedziałów ufności obliczono na podstawie danych od 173 pacjentów z Holandii i Niemiec.
W analizie wyniku obliczono wyniki ekspresji genów oporności na leki dla 173 pacjentów holenderskich i niemieckich w pierwotnej populacji oraz 98 pacjentów ze św. Judy25 w populacji walidacyjnej na podstawie 172 zestawów sond genowych, które rozróżniały białaczkę. komórki wrażliwe i odporne na każdy z czterech leków. Oceny obliczono za pomocą algorytmów workowania.29 Dla każdego z czterech leków przypisano każdemu pacjentowi punkt, jeśli komórki przewidywano jako wrażliwe, a 2, jeśli przewidywano, że komórki będą oporne. Po 1000 iteracjach, średnie wyniki dla każdego z czterech leków dla każdego pacjenta zostały połączone jako ostateczny wynik ekspresji genu odporności na lek i wykorzystane w analizie wyników. W analizie przeżycia wolnego od choroby rozważono każdy rodzaj nawrotu białaczki. Czas przeżycia wolnego od choroby określono jako czas od rozpoznania do daty niepowodzenia leczenia. Dane były cenzurowane w czasie ostatniej wizyty kontrolnej w przypadku braku niepowodzenia leczenia. Analizę regresji proporcjonalnego hazardu Cox zastosowano do oceny związku między połączonym wynikiem ekspresji genu i wynikiem leczenia. Przeżycie wolne od białaczki analizowano za pomocą estymatora Fine i Gray s, który uwzględniał zdarzenia konkurencyjne.30
Użyliśmy dokładnego testu Fischera do określenia stopnia nadreprezentacji lub niedostatecznej reprezentacji genów różnicujących w określonych grupach funkcyjnych w porównaniu z genami w genie GeneAhip U133A, przy użyciu bazy danych Gene Ontology (http://www.geneontology.org/)
[przypisy: hurtownia portfeli, disulfiram, suprasorb ]
[więcej w: oksydaza ksantynowa, xyzal opinie, psycholog dziecięcy piła ]