Wzorce ekspresji genów w opornych na leki komórkach ostrej białaczki limfoblastycznej i odpowiedź na leczenie czesc 4

Zestawy sond z tym samym symbolem genu zostały policzone jako jeden. Podstawowe dane są dostępne za pośrednictwem GeneExpression Omnibus Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej pod adresem http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ (Platforma, GPL91, Sample, GSM9653 do 9934, Series, GSE635 do 660). Dodatkowe informacje dotyczące zastosowanych metod można znaleźć na stronie www.stjuderesearch.org/data/ALL4/ pod adresem www.eur.nl/fgg/kgk/ oraz w dodatkowym dodatku. Wyniki
Ryc. 1. Ryc. 1. Rozkład stężeń leków śmiertelnie na 50 procent komórek pierwotnej białaczki (LC50) w grupie badanej i na większej populacji dzieci z ALL. Grupa badana składała się z 173 pacjentów, których próbki komórek białaczki wybrano do analizy ekspresji genów z całkowitej grupy około 700 pacjentów, których ALL blastów oceniono podczas diagnozy pod kątem wrażliwości na panel czterech środków przeciwbiałaczkowych. Rozkład wartości LC50 między grupą badaną a odpowiednią grupą całkowitą nie różnił się istotnie w przypadku żadnego z leków: P = 0,89 dla prednizolonu, P = 0,63 dla winkrystyny, P = 0,89 dla asparaginazy i P = 0,22 dla daunorubicyny (według test chi-kwadrat).
Ekspresję genu określono we wszystkich komórkach od 173 pacjentów ze świeżo zdiagnozowaną chorobą, których komórki białaczkowe były wrażliwe lub oporne na prednizolon, winkrystynę, asparaginazę lub daunorubicynę, co oceniono w teście MTT in vitro. Rozkład wartości LC50 (stężenie leku letalne na połowę hodowanych limfoblastów) w naszej badanej populacji nie różnił się istotnie od całej populacji około 700 pacjentów, dla których wcześniej określiliśmy status wrażliwości na każdy z tych czynników antybakteryjnych ( Rysunek 1). Podobnie odsetek pacjentów zaklasyfikowanych jako posiadające wrażliwe lub oporne komórki białaczki, zgodnie z uprzednio określonymi wartościami LC50 (Tabela w dodatkowym dodatku) 3-5, nie różnił się istotnie między grupą badaną a całą populacją (ryc. 1). Liczbę leukocytów, wiek w chwili rozpoznania, proporcje dziewcząt i chłopców oraz immunofenotypy w grupach wrażliwych na leki i lekoopornych dla każdego środka przeciwbiałaczkowego podsumowano w Tabeli 2 w dodatkowym dodatku.
Przewidywanie wrażliwości i oporności przy użyciu genów o różnej ekspresji
Nieupoważnione hierarchiczne grupowanie, które grupuje pacjentów zgodnie z dominującymi podobieństwami w ekspresji genów, nie grupowało pacjentów zgodnie z ich odpornością na którykolwiek z czterech czynników przeciwbiałaczkowych. Przeciwnie, pacjenci byli zgrupowani głównie według immunofenotypu lub WSZYSTKIEGO podtypu genetycznego (Figura w Dodatku Uzupełniającym) .24 Ponieważ przypadki ALL z komórek T mają silną sygnaturę ekspresji genów, kolejne analizy przeprowadzono z użyciem wszystkich próbek lub tylko próbki linii B ALL (tabela 2 w dodatkowym dodatku). W wieku 28 lat liczba przypadków ALL z komórek T była zbyt mała, aby przeprowadzić osobną analizę.
Rysunek 2. Wyniki 2. Nadzorowane hierarchiczne klastrowanie i analizy głównych składowych z wykorzystaniem genów odróżniających lekooporny od wrażliwego na leki B-Lineage ALL w odniesieniu do prednizolonu, winkrystyny, asparaginazy i daunorubicyny
[hasła pokrewne: suprasorb, chloramfenikol, bifidobacterium ]
[hasła pokrewne: tęgoryjec objawy, fibrynoliza, olejek pichtowy zastosowanie ]